Skrining Primer SSR Terkait Ketahanan Tungro pada Tetua Persilangan Padi Adaptif Lahan Rawa
Primary SSR Screening for Tungro Resistance in Rice Breeding Parents Adapted to Swampy Land
Abstract
Perakitan varietas padi yang adaptif terhadap cekaman biotik dan abiotik merupakan strategi utama dalam optimalisasi pemanfaatan lahan rawa. Penggunaan marka molekuler dalam program pemuliaan padi dapat meningkatkan efisiensi seleksi dan verifikasi hasil persilangan secara lebih cepat dan akurat. Simple Sequence Repeat (SSR) merupakan salah satu marka molekuler yang banyak digunakan karena bersifat kodominan, multialelik, dan memiliki tingkat polimorfisme yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi primer SSR tungro yang polimorfik yang mampu membedakan alel tetua pada persilangan padi tahan tungro adaptif lahan rawa. Penelitian menggunakan empat varietas padi yang terdiri atas satu varietas adaptif lahan rawa (Inpara 2) dan tiga varietas tahan tungro (Utri Merah 16680, Utri Merah 16682, dan Tukad Petanu) yang digunakan dalam tiga kombinasi persilangan. Sebanyak 14 primer SSR diuji terhadap seluruh tetua melalui amplifikasi Polymerase Chain Reaction (PCR), kemudian divisualisasikan menggunakan elektroforesis gel agarose 2%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa seluruh primer berhasil diamplifikasi, namun hanya 7 primer yang menunjukkan polimorfisme dan mampu membedakan pola pita DNA antar tetua persilangan. Primer-primer polimorfik tersebut berpotensi digunakan sebagai marka informatif dalam identifikasi hasil persilangan dan mendukung seleksi berbasis marka pada program perakitan varietas padi tahan tungro yang adaptif terhadap lahan rawa. Penelitian ini memberikan informasi awal mengenai primer SSR efektif yang dapat dimanfaatkan dalam tahapan seleksi generasi segregasi pada program pemuliaan padi.
References
Andarini, Y. N., & Nugroho, K. (2023). Review Pemanfaatan Marka Simple Sequence Repeat (SSR) dalam Kegiatan Analisis Keragaman Genetik Plasma Nutfah Padi Lokal di Indonesia. Jurnal Vegetalika 12(1), 47-63.
Ibrahim, E., Mugiasih, A., Rosida, N., Ismayanti, R., Alfiani, E., & Irmadamayanti, A. (2026). Agroecosystem Engineering As An Alternatif to Controlling Tungro Disease in Tidal Swamp Land at South Kalimantan, Indonesia. IOP Conf. Series: Earth and Environmental Science1584 (2026) 012028
Ismayanti, R., Isnaini, R. N. L., & Firmansyah. (2020). Respon ketahanan beberapa varietas tahan tungro terhadap inoculum kabupaten Pinrang. In: Herlinda S et al. (Eds.), Prosiding Seminar Nasional Lahan Suboptimal ke-8 Tahun2020, Palembang 20 Oktober 2020. pp. 851-857. Palembang: Penerbit & Percetakan Universitas Sriwijaya (UNSRI).
Lee, J. H., Muhsin, M., Atienza, G. A., Kwak, D. Y., Kim, S. M., Leon, T. B. D., Angeles, E. R., Coloquio, E., Kondoh, H., Satoh, K., Cabunagan, R. C., Cabauatan, P. Q., Kikuchi, S., Leung, H., Choi, I. R. (2010). Single Nucleutide Polymorphisms in a Gene for Translation Initiation Factor (elF4G) of Rice (Oryza sativa) Associated with Resistance to Rice Tungro Spherical Virus. MPMI 23(1), 29-38.
Manalu, V. M. P., Wirnas, D., Sudarsono, S. (2023). Seleksi Marka SSR untuk Toleransi Terhadap Cekaman Suhu Tinggi pada Populasi F2 Padi. Jurnal Zuriat 34(2), 33-45.
Sari, D. P. & Ferdiansyah, F. (2017). Variasi Frekuensi Alel Terkait Polimorfisme CYP4F2 dan CYP2C9 (*2, *3) pada Berbagai Etnis di Dunia: Review. IJAS 7(3), 73-76.
Sumardi, Chozin, M., & Sudjatmiko, S. (2021). Penampilan Agronomis dan Produktivitas Galur-Galur Padi Rawa di Lahan Lebak Bengkulu. Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy), 49(1), 1-6.
Nurdianawati, S., Wicaksana, N., & Anas. (2016). Analisis Kesesuaian Marka SSR (Simple Sequence Repeat) untuk Identifikasi Keragaman Genetik pada Kacang Bambara Asal Jawa Barat. Jurnal Agrikultura 27(2), 120-123.
Waing, F. P., Poscsedio, A. E., Fernando, T. C., Alberto, R. T., Waing, K. D. G., Romero, G. O., & Tabanao, D. A. Characterization of the QTL Linked to Tungro and Green Leafhopper Resistance in Rice (Oryza sativa L.) Using Advance Backcross Population. Philippine Journal of Crop Science 41(2), 20-30.
Zhang, L., Pan, Y., Fu, J., & Peng, J. (2012). Season, Environtment Stress and Refrigerated Storage Affect Genomic DNA Isolation of Tung Tree. American Journal of Plant Science, 3,v1562-1567.
